Нынешняя структура управления Пражским процессом включает встречи старших должностными лиц, министерские конференции, сеть национальных координаторов и стратегическую группу.
Сеть национальных координаторов помогает реализовать повседневное сотрудничество на экспертном уровне и дает согласие на организацию встреч экспертов, необходимых для реализации мероприятий, предусмотренных в Плане действий.
Встречи старших должностных лиц (ВСДЛ) проходят не реже одного раза в год с целью подготовки почвы для министерских конференций, мониторинга реализации текущих действий и оценки результатов уже завершенных действий, а также для подготовки решений или рекомендаций касательно решений по направлениям политики в будущем.
Министерские конференции проходят для оценки достигнутых результатов и принятия решений о будущем стратегическом направлении Пражского процесса.
После периода руководства Чешской Республики (2009-2010) и Польши (2011-2017) старшие должностные лица согласились создать Стратегическую группу (СГ) Пражского процесса, состоящую из ограниченного числа государств с председателем, который назначается на основе принципа ротации. Созданный осенью 2017 года этот совместный орган управления в настоящее время состоит из Чешской Республики, Венгрии, Литвы и Польши. Страна, председательствующая в Совете ЕС, Европейская комиссия и Секретариат Пражского процесса дополняют состав Стратегической группы. ICMPD продолжает выполнять свои функции секретариата Пражского процесса, отвечающего за подготовку заседаний СГ и за выполнение решений и рекомендаций, выдвинутых Стратегической группой.
Стратегическая группа выполняет следующие основные обязанности:
- Подготовка почвы и конкретных документов для решений Встреч старших должностных лиц по основным приоритетным темам на предстоящий год, тем самым обеспечивая стратегическое руководство Пражским процессом и его реализацией в соответствии с министерским мандатом.
- Содействие активному продвижению Пражского процесса как ключевого межправительственного диалога.
- Обеспечение координации с другими платформами для избежания дублирования функций и деятельности.
- Продвижение принципов добровольности, необязывающего и неполитического характера участия государств Пражского процесса и их равноправного участия.
- Изучение возможности финансирования или сбора средств с целью выполнения конкретных действий в интересах государств-участников Пражского процесса.
- Согласование годового плана работы Пражского процесса и подготовка к решениям Встреч старших должностных лиц. При необходимости внесение изменений в план работы, а также в формат и содержание соответствующих мероприятий.
- Подведение итогов прошлых достижений в реализации и обсуждение действий, предусмотренных на предстоящий период реализации.
СГ будет встречаться не реже одного раза, но предпочтительно два раза в год с целью подготовки содержания ежегодной Встречи старших должностных лиц.