Участниками Пражского процесса являются следующие 47 государств: Австрия, Азербайджан, Албания, Армения, Бельгия, Болгария, Босния и Герцеговина, Венгрия, Германия, Греция, Грузия, Дания, Ирландия, Испания, Италия, Казахстан, Кипр, Косово*, Кыргызстан, Латвия, Литва, Лихтенштейн, Люксембург, Мальта, Молдова, Нидерланды, Норвегия, Польша, Португалия, Румыния, Северная Македония, Сербия, Словакия, Словения, Таджикистан, Туркменистан, Турция, Узбекистан, Украина, Финляндия, Франция, Хорватия, Черногория, Чехия, Швейцария, Швеция и Эстония. 

Великобритания больше не является участником Пражского процесса с момента выхода из ЕС в 2020 году. Сотрудничество с Российской Федерацией и Республикой Беларусь было прекращено в начале 2022 года.

В период 2009-2010 годов Процесс возглавлялся Чехией при поддержке Венгрии, Польши, Румынии и Словакии. После Встречи старших должностных лиц в декабре 2010 года руководство перешло к Польше, которая возглавляла Процесс вплоть до завершения Целевой инициативы Пражского процесса в 2017 году. Со второй половины 2017 года Процесс коллективно возглавляет Стратегическая группа, в которую входят Чехия, Польша, Литва, Венгрия, Европейская комиссия и страна, председательствующая в ЕС в соответствующий момент времени. С 2021 года председателем Стратегической группы Пражского процесса является Чехия.

_{*Данное обозначение не влияет на позиции, занимаемые в вопросе о статусе, и согласуется с резолюцией 1244/1999 Совета Безопасности и заключением Международного Суда по вопросу о провозглашении независимости Косово.}